Pracovníci Collegia Carolina sa zaoberajú históriou a kultúrou Českej republiky a Slovenska v európskom kontexte. Vedeckí pracovníci sa venujú výskumu a vydávaniu monografických a iných publikácií. O kontakt s verejnosťou dbajú /Servisnú funkciu plnia nielen pracovníci v akademickej knižnici ale i kolegovia pri vydávaní Biografického slovníka českých krajín a Sudetonemeckého slovníka. Tím Collegia Carolina uzatvárajú administratívni pracovníci.