Veľká časť bádateľskej činnosti Collegia Carolina sa týka tematicky ohraničených výskumných projektov, financovaných zväčša z externých zdrojov. Ústav sa však popri tom venuje aj základnému výskumu.

Tak Sudetonemecký slovník ako aj Biografický lexikón dejín českých krajín vychádzajú z rozsiahleho, roky zhromažďovaného materiálu, ktorý sa triedi a edituje.

Oba projekty tým popri uchovávaní časti dejín a kultúry českých krajín a Slovenska sprístupňujú ďalším výskumným plánom vedecky spracovaný materiál.