Der Großteil der Forschungstätigkeit des Collegium Carolinum betrifft thematisch begrenzte Forschungsprojekte, die zumeist aus Drittmitteln finanziert werden. Darüber hinaus betreibt das Institut aber auch langfristige Grundlagenforschung.

Sowohl das Sudetendeutsche Wörterbuch als auch das Biographische Lexikon zur Geschichte der böhmischen Länder beruhen auf umfangreichen, jahrzehntelangen und aktualisierten Materialsammlungen, die zusammengetragen, sortiert und ediert werden.

Damit bewahren beide Projekte nicht nur einen Teil der Geschichte und Kultur der böhmischen Länder und der Slowakei, sondern stellen weiteren Forschungsvorhaben auch wissenschaftlich aufbereitetes Material zur Verfügung.