Das Collegium Carolinum konzentriert sich in seiner Forschungsagenda auf die Geschichte und Kultur der böhmischen Länder, der Slowakei sowie der Tschechoslowakei im 19. und 20. Jahrhundert.

Dabei widmet sich das CC nicht allein der Mehrheitsgesellschaften dieser Region, sondern berücksichtigt auch die ethnische, kulturelle und konfessionelle Vielfalt Zentraleuropas. Vergleichende Untersuchungen mit anderen ostmittel-, ost- und westeuropäischen Ländern haben hier einen hohen Stellenwert. Das Institut kombiniert in seinen Projekten dabei kulturgeschichtliche und sozialhistorische Ansätze, sei es in Drittmittelprojekten oder in der langfristigen Grundlagenforschung. Die im Rahmen dieser Arbeiten entstehenden Forschungsdaten werden entsprechend der institutseigenen Forschungsdaten-Policy langfristig archiviert und öffentlich zugänglich gemacht.

Neben den Forschungsprojekten des Instituts fördert das Collegium Carolinum auch Nachwuchswissenschaftlerinnen und -wissenschaftler durch kurzfristige Stipendien.