Collegium Carolinum sa v svojom výskume sústreďuje na dejiny a kultúru českých krajín, Slovenska ako aj Československa v 19. a 20. storočí.

CC sa pritom nevenuje iba väčšinovým spoločnostiam týchto regiónov, ale zohľadňuje aj etnickú, kultúrnu a náboženskú rozmanitosť strednej Európy. Vysokú hodnotu preto majú porovnávacie štúdie s inými krajinami východnej časti strednej, východnej a západnej Európy. Ústav preto vo svojich projektoch kombinuje prístupy kultúrnej a sociálnej histórie, či už v rámci projektov, financovaných z externých zdrojov alebo v dlhodobom základnom výskume.

Collegium Carolinum podporuje popri vlastných výskumných projektoch  aj vedecký dorast udeľovaním krátkodobých štipendií.