Collegium Carolinum se koncentruje ve své výzkumné agendě na dějiny a kultury českých zemí, Slovenska jakož i Československa v 19. a 20. století.

Přitom se CC věnuje nejenom většinovým společnostem tohoto regionu, nýbrž zohledňuje také etnickou, kulturní a konfesionální diverzitu centrální Evropy. Srovnávací výzkumy s jinými středovýchodními, východními a západními evropskými zeměmi zde mají velký význam. Institut přitom kombinuje ve svých projektech kulturně historické a sociálně historické přístupy, ať už v grantech nebo v dlouhodobém základním výzkumu.

Kromě výzkumných projektů institutu podporuje CC také mladé vědkyně a vědce krátkodobými stipendii.