Většina výzkumné činnosti Collegia Carolina se týká tematicky vymezených výzkumných projektů (Forschungsprojekte), které jsou většinou financovány přes granty. Navíc provozuje institut také dlouhodobý základní výzkum.

Jak Sudetoněmecký slovník (Sudetendeutsches Wörterbuch) tak i Biografický lexikon k dějinám českých zemí (Biographische Lexikon zur Geschichte der böhmischen Länder) vycházejí z rozsáhlých dlouholetých a aktualizovaných sbírek materiálu, které institut sbírá, třídí a edituje.

Oba projekty tím uchovávají nejenom část dějin a kultury českých zemí a Slovenska, nýbrž dávají k dispozici výzkumným projektům také vědecky zpracovaný materiál.