Die Wissenschaftliche Vereinigung des Collegium Carolinum setzt sich aus vierzig renommierten Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern aus Deutschland, Tschechien der Slowakei sowie vielen anderen Ländern (Österreich, Frankreich, Großbritannien, Vereinigte Staaten, Australien) zusammen. Die Wissenschaftliche Vereinigung leitet durch Ihren Vorstand das Forschungsinstitut. Dem Institut steht ein Wissenschaftlicher Beirat zur Seite. Die Serviceprojekte des Collegium Carolinum wie die Bohemia oder das Biographische Lexikon verfügen über eigene Herausgebergremien bzw. Beiräte.

Das Kuratorium des Collegium Carolinum beaufsichtigt die Tätigkeit des Collegium Carolinum.