Das Collegium Carolinum (CC) widmet sich der Geschichte und Kultur Tschechiens und der Slowakei im europäischen und speziell ostmitteleuropäischen Zusammenhang. Mit diesem in Deutschland einzigartigen geografischen Schwerpunkt bündelt es in Forschung und Lehre sowie als Ort der Vernetzung die Tschechien- und Slowakeikompetenz in Deutschland.

Das CC besteht aus einer Wissenschaftlichen Vereinigung, die sich aus führenden nationalen und internationalen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern zusammensetzt, und einem Forschungsinstitut, das von der Wissenschaftlichen Vereinigung getragen wird. Finanziert wird das Institut vom Freistaat Bayern sowie aus Drittmitteln, die im langjährigen Mittel 30 bis 40% des Budgets ausmachen. 

Profilgebend für die Forschungsprojekte des Instituts sind neben der area-spezifischen Aufgabenstellung transnationale Fragestellungen, die die Geschichte Tschechiens und der Slowakei in grenzüberschreitende größere Kontexte einbetten. Die meisten Forschungsprojekte zeichnen sich durch eine Kombination von politik-, sozial- und kulturgeschichtlichen Fragen aus. Die Forschungen des Instituts gliedern sich entlang bestimmter Kategorien wie Ethnizität, Konfessionalität, Migration und untersuchen Ordnungsvorstellungen und –praktiken in historischer Perspektive. Darüber gibt die Seite Forschung genauer Auskunft.

Mit seiner Zeitschrift Bohemia, dem Sudetendeutschen Wörterbuch und dem Biographischen Lexikon leistet das CC grundlegende Servicefunktionen für die internationale Ostmitteleuropaforschung. Zudem verwaltet das CC die Wissenschaftliche Bibliothek im Sudetendeutschen Haus, die mit ca. 170.000 Medieneinheiten die weltweit größte Sammlung von Bohemica außerhalb Tschechiens umfasst.

Das CC ist ein An-Institut der LMU München. Seine wissenschaftlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter lehren regelmäßig an der LMU und auch an anderen bayerischen Universitäten. Das Institut pflegt vielfältige Kooperationsbeziehungen in Tschechien, insbesondere durch seine Prager Außenstelle, und in der Slowakei.