Das Collegium Carolinum initiiert nicht nur eigenständige Forschung, sondern möchte auch auswärtige Forschende unterstützen. Hierzu vergibt das Institut seit einigen Jahren regelmäßig ein einmonatiges Nachwuchsstipendium. Erstmals 2021 verleiht das Institut den Aufsatzpreis für einen herausragenden historischen, literatur- oder kulturwissenschaftlichen Aufsatz zu Geschichte und Kultur Tschechiens oder der Slowakei bzw. deren Vorgängerstaaten. Mit dem Preis ist ein Forschungsaufenthalt in München verbunden. Aber auch darüber hinaus stehen Gastwissenschaftlerinnen und -wissenschaftlern die Türen des Instituts offen, um in München einen Forschungsaufenthalt zu absolvieren und die hiesigen Bibliotheken und Archive zu konsultieren.