Vedecké združenie Collegia Carolina tvorí štyridsať renomovaných vedkýň a vedcov z Nemecka, Česka, Slovenska ako aj mnohých ďalších krajín (Rakúsko, Francúzsko, Veľká Británia, Spojené štáty americké, Austrália). Predsedníctvo Vedeckého združenia riadi výskumný ústav. Ústavu pomáha Vedecká rada. Projekty poskytovania služieb ako Bohemia alebo Biografický lexikón disponujú vlastnými editorskými grémiami respektíve radami.

Na činnosť Collegia Carolina dohliada kuratórium.