Das Collegium Carolinum beschäftigt Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter, die sich mit der Geschichte und Kultur Tschechiens und der Slowakei im europäischen Kontext beschäftigen. Teilweise führen sie Forschungen durch, teilweise sind sie für Servicefunktionen zuständig, etwa in der Wissenschaftlichen Bibliothek oder bei der Redaktion des Biographischen Lexikons der böhmischen Länder, des Sudetendeutschen Wörterbuchs sowie monographischer und anderer Publikationen. Zum Team des Collegium Carolinum gehören auch Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter, die in der Verwaltung dessen Forschungen und die Servicefunktionen unterstützen.