Vědecká asociace Collegia Carolina se skládá ze čtyřiceti renomovaných vědkyň a vědců z Německa, České republiky, Slovenska jakož i z mnohých dalších zemí (Rakousko, Francie, Velká Britanie, Spojené Státy, Austrálie). Vědecká asociace prostřednictvím svého předsednictva řídí tento výzkumný institut. Institut podporuje Vědecký poradní sbor. Servisní projekty Collegia Carolina jako Bohemia anebo Biografický lexikon disponují vlastními editorskými gremii resp. poradními sbory.

Kuratorium Collegia Carolina dohlíží na činnost Collegia Carolina.