Forschungsbereich I:   Geschichte der böhmischen Länder/Tschechiens im europäischen Kontext 

• FOROST-Projekt 2.VI.1 (2003-2005): "Diskurse in den EU-Beitrittsländern Polen, Tschechien, Slowakei, Ungarn und Slowenien über die Zwangsmigrationen der Jahre 1938-1950" (Prof. Dr. Martin Schulze Wessel, Dr. Haslinger, Franzen et al.) 
• "Historiographie, Geschichtsbilder und Wissenschaftsgeschichte" (vgl. CC-Tagungen 2003/04)
  

• FOROST-Projekt 2.III.1 (2003-2005): "Tschechische zivilgesellschaftliche Konzepte: Komparative Untersuchungen zu Grundbegriffen des politischen Denkens" (Prof. Dr. Martin Schulze Wessel, Dr. Luft, St. Zwicker, M. Havelka, L. Zwicker, Brenner, Weiss et al.)

• "Religions- und Kirchengeschichte der böhmischen Länder im 20. Jahrhundert" (gemeinsam mit der Ackermann-Gemeinde München, gefördert von Renovabis in den Jahren 2004-2006, u.a. Handbuch-Projekt) 
• "Kirchengeschichte 1945-1948" 
• "Kirche und Gesellschaft in den böhmischen Ländern im im 19. und 20. Jahrhundert" (vgl. u.a. CC-Tagung 1999) 

• "Tschechoslowakische Sozialgeschichte 1948-1989: Industriearbeiterschaft und Genossenschaftsbauern" (Dr. Peter Heumos; gefördert durch die Volkswagen-Stiftung in den Jahren 1998-2002)
• "Tschechoslowakische Geschichte" (Handbuch-Projekt)

• "Soziale Strukturen in Böhmen vom 16. bis zum 19. Jahrhundert" zusammen mit Instituten für Wirtschafts- und Sozialgeschichte der Universitäten Wien, Salzburg, Prag, Budweis und Cambridge sowie dem Staatlichen Zentralarchivs Prag (gefördert durch die Volkswagen-Stiftung in den Jahren 1996 bis 1999)
  Am 24. 1. 2005 durch das Institut für den Donauraum und Mitteleuropa ausgezeichnet mit dem "Mitteleuropa- und Anton Gindely-Preis 2004/2005"
• "Regionalismus im 19. und 20. Jahrhundert" (vgl. u.a. die Tagung 2001) 
• "Transformationen in den böhmischen Ländern im 20. Jahrhundert" (vgl. u.a. die Tagung 2000) 
• "Gesellschaftliche Prozesse in den böhmischen Ländern und in der Slowakei 1848-2001"

• Forschungen der Mitarbeiter